Atomes, molécules et liaisons chimiques

Atomes, molécules et liaisons chimiques

Sources

Anatomie et physiologie normales pathologiques, A. Waugh, A. Grant 2025, Elsevier Masson

Compendium of Chemical Terminology (gold book)

Manuel d’anatomie et de physiologie humaines, Tortora Derrickson, 2022, De Boeck Supérieur

Julie VIOLET

Mis à jour le 10/08/2026

À retenir
Les points essentiels du cours
Toute matière est constituée d’atomes, eux-mêmes composés de protons (+), de neutrons et d’électrons (–). Le nombre de protons définit l’élément chimique. Lorsqu’un atome gagne ou perd des électrons, il devient un ion : un cation est positif et un anion négatif. Les atomes peuvent s’associer grâce à différentes liaisons chimiques pour former des molécules. Dans l’organisme, les ions et les molécules sont indispensables au fonctionnement cellulaire et permettent notamment l’activité nerveuse et musculaire, les échanges gazeux et le maintien des équilibres hydroélectrolytique et acido-basique.

La matière qui constitue l’organisme vivant est composée d’éléments chimiques, organisés sous forme d’atomes, d’ions et de molécules. Leurs interactions sont à la base de la structure et du fonctionnement des cellules.

 

I. Les éléments chimiques

Un élément chimique correspond à un ensemble d’atomes possédant le même nombre de protons.

Chaque élément est représenté par un symbole chimique : carbone (C), hydrogène (H), oxygène (O), azote (N), sodium (Na), potassium (K), calcium (Ca), chlore (Cl)…

Dans l’organisme, certains éléments sont particulièrement importants :

  • C, H, O et N constituent une grande partie des molécules du vivant ;
  • Na, K, Ca, Mg et Cl interviennent notamment dans l’équilibre hydroélectrolytique, l’activité nerveuse et la contraction musculaire ;
  • certains éléments sont présents en très faible quantité : ce sont les oligoéléments (fer, zinc, cuivre, iode…).

 

 

II. Structure de l’atome

L’atome est la plus petite unité d’un élément chimique qui en conserve les propriétés.

Il est constitué :

  • d’un noyau central, contenant :
    • des protons, chargés positivement (+) ;
    • des neutrons, sans charge électrique ;
  • d’électrons, chargés négativement (–), répartis autour du noyau.

 

La quasi-totalité de la masse de l’atome est concentrée dans son noyau.

Un atome est électriquement neutre lorsqu’il possède autant de protons que d’électrons : les charges positives et négatives s’équilibrent.

 

 

III. Caractéristiques de l’atome et isotopes

Chaque élément chimique est caractérisé par son nombre de protons.

 

Numéro atomique

Le numéro atomique Z correspond au nombre de protons présents dans le noyau.

Il définit l’élément chimique.

Par exemple, tous les atomes de carbone possèdent 6 protons : leur numéro atomique est donc Z = 6.

 

Nombre de masse

Le nombre de masse A correspond au nombre total de protons et de neutrons présents dans le noyau.

A = nombre de protons + nombre de neutrons

Donc : Nombre de neutrons = A – Z

 

Isotopes

Les isotopes sont des atomes d’un même élément qui possèdent :

  • le même nombre de protons ;
  • mais un nombre différent de neutrons.

 

Ils appartiennent donc au même élément chimique mais possèdent une masse différente.

Certains isotopes radioactifs sont utilisés en médecine, notamment pour le diagnostic, l’imagerie ou certains traitements.

 

 

IV. Organisation des électrons

Les électrons occupent différents niveaux d’énergie, souvent représentés de manière simplifiée sous forme de couches autour du noyau.

Les électrons situés sur la couche la plus externe sont appelés électrons de valence. Ce sont principalement eux qui interviennent dans les réactions et les liaisons chimiques.

Les atomes tendent vers une organisation électronique stable. Selon leur structure, ils peuvent :

  • perdre un ou plusieurs électrons ;
  • gagner un ou plusieurs électrons ;
  • partager des électrons avec d’autres atomes.

 

Ces phénomènes permettent notamment la formation des ions et des liaisons chimiques.

 
 

V. Les ions

Un ion est un atome ou un groupement d’atomes ayant gagné ou perdu un ou plusieurs électrons. Il porte donc une charge électrique.

 

Cation

Un cation est chargé positivement (+).

Il se forme lorsqu’un atome perd un ou plusieurs électrons.

Exemples : Na⁺, K⁺, Ca²⁺, Mg²⁺.

 

Anion

Un anion est chargé négativement (–).

Il se forme lorsqu’un atome ou un groupement d’atomes gagne un ou plusieurs électrons.

Exemples : Cl⁻, HCO₃⁻.

Dans les liquides biologiques, les ions sont souvent appelés électrolytes. Ils jouent notamment un rôle dans :

  • l’équilibre hydrique ;
  • l’équilibre acido-basique ;
  • la transmission de l’influx nerveux ;
  • la contraction musculaire ;
  • le fonctionnement des cellules.

 

Dans une solution, l’ensemble des charges positives et négatives tend à s’équilibrer : c’est le principe d’électroneutralité.

 

 

VI. Les molécules

Une molécule est un assemblage d’au moins deux atomes unis par des liaisons chimiques.

Elle peut être constituée :

  • d’atomes d’un même élément : O₂ ;
  • d’atomes d’éléments différents : H₂O, CO₂.

 

Un composé chimique associe au moins deux éléments chimiques différents.

Les molécules biologiques sont principalement constituées de carbone (C), hydrogène (H), oxygène (O) et azote (N). Ces éléments entrent notamment dans la composition des glucides, lipides, protéines et acides nucléiques.

 

Lire une formule chimique

Une formule chimique indique les éléments présents dans une molécule et leur nombre.

Par exemple :

  • H₂O = 2 atomes d’hydrogène + 1 atome d’oxygène ;
  • O₂ = 2 atomes d’oxygène ;
  • CO₂ = 1 atome de carbone + 2 atomes d’oxygène.

 

Le chiffre placé en indice indique donc le nombre d’atomes de l’élément qui le précède. En l’absence de chiffre, il n’y en a qu’un.

 

 

VII. Les principales liaisons chimiques

Une liaison chimique correspond à une interaction permettant d’unir des atomes entre eux ou de stabiliser certaines structures moléculaires.

 

Liaison covalente

La liaison covalente repose sur le partage d’un ou plusieurs électrons entre deux atomes.

C’est une liaison forte et stable, très fréquente dans les molécules biologiques.

Exemple : les liaisons entre l’oxygène et l’hydrogène au sein de la molécule H₂O.

 

Liaison ionique

La liaison ionique repose sur l’attraction électrostatique entre des ions de charges opposées, après transfert d’un ou plusieurs électrons.

Exemple : attraction entre Na⁺ et Cl⁻ dans le chlorure de sodium (NaCl).

Dans l’eau, de nombreux composés ioniques peuvent se dissocier en ions : NaCl donne ainsi des ions Na⁺ et Cl⁻ en solution.

 

Liaison hydrogène

La liaison hydrogène est une interaction faible par rapport aux liaisons covalentes.

Individuellement faible, elle devient importante lorsque de nombreuses liaisons hydrogène sont présentes.

Elle participe notamment :

  • aux propriétés de l’eau ;
  • à la structure des protéines ;
  • à la stabilité de la double hélice de l’ADN.

 

 

VIII. Intérêt biologique et clinique

Les atomes, ions et molécules constituent les bases chimiques du fonctionnement de l’organisme.

On peut schématiquement retrouver l’organisation suivante :

Atomes → molécules → structures cellulaires → cellules → tissus → organes → organisme

Ces notions permettent de comprendre de nombreux mécanismes :

  • les mouvements de Na⁺ et K⁺ participent à l’activité électrique des cellules nerveuses et musculaires ;
  • le Ca²⁺ intervient notamment dans la contraction musculaire et de nombreux mécanismes cellulaires ;
  • les ions H⁺ et HCO₃⁻ participent à l’équilibre acido-basique ;
  • les molécules d’O₂ et de CO₂ interviennent dans les échanges gazeux ;
  • les liaisons chimiques permettent la formation et le maintien des protéines, lipides, glucides et acides nucléiques.

 

La compréhension de ces bases facilite donc l’étude ultérieure de la biochimie, de la physiologie, de la pharmacologie et des déséquilibres biologiques.

Pour résumer (carte mentale)

atomes, molécules et liaisons chimiques